故宫南院總面積約70公頃，包含博物館區20公頃、園區50公頃，博物館建築由姚仁喜建築師設計，以傳統水墨畫之「濃墨」、「飛白」及「渲染」三種筆法為概念發想，發展出虛、實量體相互交織的流線形體。
實量體，名為「墨韻樓」，主要功能為展廳及文物庫房；虛量體，名「飛白館」，設有接待大廳、博物館教育空間、餐飲及紀念品商店等。中央走道自南端景觀橋開始，以蜿蜒曲線穿入虛、實量體所圍塑之中庭，即為渲染。這三道曲線，同時也象徵著中華、印度及波斯三個古文明，在歷史長河中匯聚交流，衍生出燦爛多元的亞洲藝術文化。
國立故宮博物院南部院區大部分展品以調借北部院區書畫、器物、文獻等三典藏單位文物，建構質量兼具之大型主題式展覽。2019年推出的「泥土的座標─院藏陶瓷展」、「名山鉅作—張大千廬山圖特展」及「國寶文物(肉形石)展出」，讓南部院區亮點不斷，成功衝出高人氣。
為鼓勵兒童探索亞洲文化的多元性，於博物館一樓規劃佔地340坪，專屬於5-12歲學童的學習空間「兒童創意中心」。中心內設有認識亞洲環形劇場及陶瓷、織品、茶文化、亞洲劇場等四個主題互動展示區及亞洲文化特展區。希冀透過多媒體互動裝置、DIY操作、遊戲體驗等方式，激發兒童的學習興趣，並與南院的展覽經驗產生互動與聯結。
