修復後紅樓做為接待、展示服務空間，紅樓一樓北側辦理紀念南門工場歷史與樟腦產業的常設展廳，二樓為臺灣產業史的特展廳，荷造場做為入口休憩及委外餐飲商店，小白宮做為多功能展演空間，新建典藏庫房行政大樓一樓西側三分之二區域則做為親子展覽、公共服務與會議之用。園區內全區在整體裝修設計中充分考量古蹟風貌，並將古蹟修復過程中保留之遺構、材料、工法與現地展示點，因地制宜地融入各空間之裝修中。

國立臺灣博物館南門園區的常設展覽則是「南門童話-沉睡的老樟樹國王」，本展藉由繪本故事、遊戲互動、3D藝術及感官體驗的多元互動方式，提供孩童認識南門園區動、植物生態的親子空間。展場主要以3D藝術畫作延伸並營造樟樹王國的空間氛圍，同時介紹樟樹的植物生態、賴以維生且充滿樟樹香氣的昆蟲子民：青帶鳳蝶、樟樹葉蜂、青黃枯葉蛾，並藉繪本故事由喜鵲、五色鳥、綠繡眼、紅嘴黑鵯、夜鷺等樟樹王國的動物朋友帶領觀眾認識南門園區的生態多樣性，進一步瞭解人與大地環境的關係。