本館共有四個樓層，展出的常設展主題分別為：「人與自然環境」、「生活與器具」、「衣飾與文化」、「信仰與祭儀」，展現原住民族生活環境的山海意象、傳統生計型態、顯形物質文化、生命秩序與信仰祭儀、族群概介與台灣原住民史發展。
此外，每年的春、秋季，博物館與特定人士或團體合作，推出特展，貼近當代原住民文化議題，提供多樣化的展示樣貌。每年的冬季，博物館更與單一原住民部落合作，推出以部落文化為主體的「與部落結合特展」，期望藉此讓族人的聲音在都會場域發聲，並掌握自身文化的詮釋權。
除了展示之外，博物館並備有參觀輔助設施，如語音導覽、影像圖書館等設備，幫助觀眾在參觀時更深入地了解文物的背景脈絡及其他延伸資料。
