本館共有四個樓層,展出的常設展主題分別為:「人與自然環境」、「生活與器具」、「衣飾與文化」、「信仰與祭儀」,展現原住民族生活環境的山海意象、傳統生計型態、顯形物質文化、生命秩序與信仰祭儀、族群概介與台灣原住民史發展。
此外,每年的春、秋季,博物館與特定人士或團體合作,推出特展,貼近當代原住民文化議題,提供多樣化的展示樣貌。每年的冬季,博物館更與單一原住民部落合作,推出以部落文化為主體的「與部落結合特展」,期望藉此讓族人的聲音在都會場域發聲,並掌握自身文化的詮釋權。
除了展示之外,博物館並備有參觀輔助設施,如語音導覽、影像圖書館等設備,幫助觀眾在參觀時更深入地了解文物的背景脈絡及其他延伸資料。